I januari 2006 sändes International Security Assistance Force (ISAF) till Afghanistan för att hjälpa den amerikanska och brittiska militären i kampen mot den islamistiska paramilitära talibanerna. Den amerikanska regeringen anklagade talibanerna för att hysa al-Qaidas chef, Osama bin Laden, och krävde hans utlämning. Talibanledningen vägrade att uppfylla detta krav och sa att USA inte tillhandahöll bevis för Osamas skuld i attackerna den 9/11/2001.
I slutet av 2001 förstördes praktiskt taget Talibans militära struktur, och motståndet från dess anhängare tog formen av en gerillarörelse. Västra länder har investerat stort i utvecklingen av demokrati och den sociala strukturen i Afghanistan. År 2004 vann landets första presidentval av Hamid Karzai, en politiker som är lojal nog mot väst. Men motståndet från Talibans anhängare kunde inte undertryckas. Gerillorna kämpade hårt trots ISAF: s överväldigande militära överlägsenhet.
Frankrike, som andra medlemmar i alliansen, led förluster i utrustning och arbetskraft. Under de tio åren av kriget i Afghanistan dödades 83 soldater och flera gånger fler sårades. Beslutet att involvera Frankrike i militäroperationen var inte särskilt populärt bland befolkningen, och rapporter om dödsfall bland franska soldater ökade missnöjet med regeringen.
Den 20 januari 2012 sköt en man i en afghansk arméuniform i Kapisa-provinsen 4 och sårade 16 franska soldater. Efter det sa Nicolas Sarkozy (fransk president från 2007 till 2012) att eftersom den afghanska regeringen inte kan garantera de franska truppernas säkerhet, upphäver Frankrike sin militära närvaro i det landet. Sarkozy lovade att dra tillbaka trupper från Afghanistan i början av 2014.
År 2012 valdes François Hollande till Frankrikes president, som tillkännagav en ny plan att dra sig ur Afghanistan. 2.000 militärer dras tillbaka i slutet av 2012, 1400 kvarstår som instruktörer och för att bevaka sociala anläggningar. Presidenten förklarade sitt beslut genom att terroristernas fara har minskat, demokratin har blivit starkare och landet måste utvecklas självständigt. Republikens chef lovade att Frankrike skulle fortsätta att stödja Afghanistan, men i en annan form.
