Den tredje filmen, Men in Black, är en uppföljare till den berömda amerikanska komedin. Med alla samma Tommy Lee Jones och Will Smith. Regissören övertogs igen av Barry Sonnenfeld, verkställande producent bakom Steven Spielberg. Filmen började på bio den 23 maj 2012.
Rollen som den negativa hjälten den här gången tas av Jemaine Clement, han spelar Boris. Det här är gärningsmannen som flydde från månfängelset. Han brinner av hat mot agent Kay, som i juli 1969 fångade den skyldige och lämnade honom utan en arm. När Kay plötsligt får reda på att Boris flydde, uttrycker han stor ånger över att han då inte dödade honom under arresteringen. Efter det försvinner agenten helt enkelt, och bara hans partner Jay kommer ihåg att han existerade. Resten av svarta personal tror att Kay dog i en konfrontation med någon brottsling 1969.
Den enda förklaringen till en sådan vändning av verkligheten är en förändring i det förflutna. Jay och Agent O bestämmer att Boris är inblandad. Detta bekräftas av en annan händelse i kosmisk skala - invasionen av jorden av Boris-rasen. I den tidigare verkligheten var detta omöjligt, eftersom Kay installerade en skyddsanordning på planeten som heter "ArkNet". Nu, i samband med agentens död, för flera decennier sedan, hade jorden ingen barriär från rymdfiender.
Jay upptäcker att Boris skickades till det förflutna av Jeffrey Price, en elektronikhandlare som hade en olaglig tidsförskjutare i sin arsenal. Agenten har inget annat val än att resa tillbaka i tiden för att rädda sin partner. Och han arresteras omedelbart av unga Kay. Under förhör berättar Jay allt för honom, och den framtida partnern tror. Tillsammans hittar de Arkanian Griffin, som har ArkNet. Nu fortsätter de tre resan och ger sig iväg för att installera skydd på månen. Men på en raket arresteras de av översten. Nu blir han Jays hemliga djurhållare.
Från och med nu utvecklas händelserna snabbt. Hjältarna möts med två Boris och en kamp följer. En brottsling från framtiden kastas i raketaxeln och den unga Boris skickas efter honom. Skydd för jorden har upprättats. Och nu verkar det som om Jays uppdrag är slutfört, men en ung brottsling som mirakulöst överlever dyker upp. Översten dör, men Boris förstörs också. Och nu dyker en ny karaktär upp i filmen. En pojke går ut ur översten och börjar leta efter sin far. Agenten känner igen sig själv. Jay återvänder till sin tid och träffar Kay på kaféet. Allt gick tillbaka.
